अमीबिक एन्सेफलाइटिस एक असाधारण रूप से दुर्लभ और अत्यधिक घातक केंद्रीय तंत्रिका तंत्र संक्रमण (Amoebic encephalitis is an exceptionally rare and highly fatal central nervous system infection) है जो मीठे पानी, झीलों और नदियों में पाए जाने वाले मुक्त-जीवित अमीबा के कारण होता है।यह अमीबा गर्म, उथले पानी में पनपता है और नाक के माध्यम से मस्तिष्क में प्रवेश करता है। प्रारंभिक लक्षणों में बुखार, सिरदर्द और उल्टी शामिल हैं, जो गर्दन में अकड़न, दौरे, मतिभ्रम और कोमा तक बढ़ सकते हैं। केरल में लगातार बारिश के कारण, स्वास्थ्य विभाग ने अमीबिक मेनिंगोएन्सेफलाइटिस (PAM amoebic meningoencephalitis) के खिलाफ सावधान किया है|